Secondo alcuni ritrovamenti archeologici sembra che la zona sia nota sin dall'antichità grazie alla presenza di un porto fluviale situato alla foce del fiume Arrone (che nasce dal lago di Bracciano e si getta in mare proprio nei dintorni della cittadina) e di una salina in attività sin dai tempi degli etruschi.

Entrambe le strutture sarebbero state rase al suolo durante le invasioni romane e da allora la città avrebbe vissuto un lungo momento di semi-abbandono, interrotto di tanto in tanto da pochi eventi estemporanei: ad esempio nel 1666 Papa Clemente IX dispose la messa a dimora di quella pineta locale che, come vedremo, sarebbe diventata uno degli emblemi della città. La trasformazione di Fregene in una località turistica inizia nel 1928, quando prende il via la bonifica della zona del Maccarese. Da allora la visibilità della cittadina è cresciuta anno dopo anno, anche grazie alle numerose frequentazioni vip divenute sempre più continue dopo la Seconda Guerra Mondiale: Fregene è infatti stata spesso e volentieri soggiorno estivo di registi del calibro di Ettore Scola e Federico Fellini (che per altro ha girato proprio qui "Giulietta degli spiriti"), artisti e scrittori del livello di Giulio Turcato ed Alberto Moravia (storico proprietario di una villa installata alla foce dell'Arrone) e ancora di conduttori ed attori quali Walter Chiari e Marcello Mastroianni.

Una fama che è sopravvissuta all'età dell'oro del cinema italiano e che ancora oggi fa di Fregene una delle mete balneari più battute da romani e non. Oggi la cittadina è divisa in due parti ben distinte (settentrionale e meridionale), intervallate da grossi lotti destinati alla costruzione di residenze private e tagliate da una via centrale (viale Castellammare), che è la principale sede delle attività commerciali. La zona settentrionale è quella nata attorno al "Villaggio dei Pescatori", una struttura formata negli anni '50 dalla semplice presenza di capanne sulla spiaggia e poi trasformatasi (spesso, purtroppo, a suon di abusi edilizi) nel luogo più esclusivo di Fregene: si tratta di un'area assolutamente sovraffollata durante i mesi estivi ed assolutamente quieta durante quelli invernali, nonostante ormai le principali attività del lungomare lavorino praticamente 12 mesi all'anno.

L'area meridionale si distingue invece per la presenza a pochi chilometri della riserva faunistica dell'Oasi di Macchiagrande: una riserva ecologica caratterizzata dalla presenza di una rigogliosissima macchia mediterranea e gestita dal WWF; che vanta una superficie di ben 280 ettari (tocca sia Fregene che Fiumicino e Focene) e fa parte della Riserva naturale Litorale Romano dal 1996; che ospita diverse specie di uccelli acquatici tra cui spiccano il germano reale, l'alzavola ed il cormorano, oltre che animali quali l'istrice, il coniglio selvatico e la testuggine comune (suo animale simbolo).

Altro luogo simbolo di Fregene è, come già accennato, la sua pineta, la cui fortuna è stata sempre e comunque legata a quella del litorale. Durante il secondo dopoguerra divenne un punto di ritrovo per gli amanti della bicicletta e dei picnic ed anche lei trasse vantaggio della simpatia di diversi vip (non a caso dal 2014 è intitolata al già citato Federico Fellini). Chiusa al pubblico nel 2009 a causa della mancata adozione di adeguate misure di sicurezza (legate al pericolo caduta di pini secolari giunti al termine del loro ciclo vitale), la pineta è stata riaperta nel 2011 dopo l'abbattimento di 83 pini, la potatura di 580 pini e 50 lecci e la pulitura del piano arbustivo nei dintorni delle aree di gioco.

A livello sportivo Fregene è caratterizzata soprattutto dalla squadra di calcio locale: la Polisportiva Dilettantistica Fregene 1948 Calcio, fondata per l'appunto nel 1948 e fusasi nel 2016 con lo Sporting Città di Fiumicino (il nuovo club ha denominazione S.F.F. Atletico); presenta però anche una squadra di pallavolo (la San Giorgio) che ha militato principalmente nel campionato di Serie D.

Parlando invece di eventi la città è nota soprattutto per il suo Premio Letterario e per avere ospitato due edizioni di un talk show politico di nome "Fregenius". Fregene dista circa 40 chilometri da Roma ed è l'unica grossa località della costa tirrenica del Lazio settentrionale a non essere attraversata dalla Strada Statale 1 via Aurelia (a cui è comunque collegata da due svincoli: Fregene-Cesano-Testa di Lepre, più vicino a Roma e Fregene, nei pressi di Torrimpietra).

La città è inoltre raggiungibile dall'Autostrada A12 Roma-Civitavecchia (uscite Maccarese-Fregene e Torrimpietra) e dalla via Portuense. Fregene è infine servita da una stazione ferroviaria (Maccarese-Fregene), oltre ad essere meta di diverse linee bus urbane del comune di Fiumicino e della linea COTRAL di Roma. Gli aeroporti più vicini sono il Leonardo Da Vinci di Fiumicino (distante circa 15 chilometri) e l'Aeroporto di Ciampino (distante circa 40 chilometri), mentre il porto più vicino è quello di Civitavecchia (distante circa 55 chilometri).